为方便生物学家使用，课题组主持开发了系列在线服务。
基因表达的功能及演化
- 单细胞转录组检索算法Cell BLAST
- 转录本表达即时计算算法LocExpress
- 编码潜能预测算法CPC2 (Mirror)，亦可使用老版本CPC1 (Mirror)
- 长非编码RNA功能注释工具AnnoLnc
- 人类长非编码RNA参考功能注释数据库RefLnc
- 人胚胎干细胞长非编码RNA数据库SCBrowse
面向遗传变异的精准医学
- 遗传变异功能注释工具包COPE (Mirror)：编码区变异 (Mirror)、调控区变异 (Mirror)
- 基因结构可视化工具GSDS (Mirror)
- Cas9 gRNA靶位点预测算法CasOT：与北京大学生命科学学院张博课题组合作完成
- 中国食管癌变异数据库CCGD/ESCC：与肿瘤医院吴晨课题组合作完成
同时，课题组还以开源方式，开放了部分分析、计算与可视化平台，供研究人员免费使用。